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miRNA-seq

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UMI miRNA测序，文库构建时引入特异性分子标签（UMI），结合高通量测序实现精准定量，研究某物种某组织在特定时空状态下18-30 nt的miRNA片段序列信息，顺利获得与数据库比对, 可实现miRNA序列的鉴定、靶基因分析和功能分析。在疾病研究方面，可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。

背景：随着现代生活方式的改变，肥胖已成为全球性的健康问题，伴随而来的代谢紊乱如胰岛素抵抗、高血糖和高血脂等，严重影响着人们的生活质量。脂肪组织中的巨噬细胞（Adipose Tissue Macrophages, ATMs）在肥胖相关的代谢功能障碍中扮演着关键角色，但其具体机制尚不清楚。

方法：该研究聚焦于miR-6236（肥胖状态下的ATMs分泌的一种真实存在的微小RNA），顺利获得整体或骨髓细胞特异性敲除miR-6236，观察到肥胖相关的脂肪组织胰岛素抵抗、高血糖、高胰岛素血症和高脂血症加剧。miR-6236顺利获得抑制胰岛素信号传导的负调节因子（如PTEN）的翻译，增强脂肪细胞的胰岛素敏感性。

结果：1.对来自饮食诱导的肥胖（DIO）模型的野生型（WT）小鼠的体外脂质相关巨噬细胞LAM培养物中纯化的细胞外泌体（EV）进行了miRNA测序，发现miR-6236是LAM来源外泌体中最丰富的miRNA。尽管miR-6236已顺利获得计算方法预测，但其序列、结构和功能之前并未经验证。顺利获得将测序数据与324个先前发布的miRNA数据集相结合，发现大多数miRNA测序的reads都是与预测到的成熟miR-6236序列上游区域对齐，为miR-6236基因座给予了更高的分辨率。

2.为了研究miR-6236在体内的功能，作者创建了miR-6236基因敲除（KO）小鼠品系，并顺利获得高脂饮食诱导的肥胖（DIO）模型评估了KO小鼠和野生型（WT）对照小鼠的肥胖相关结果。结果表明，与肥胖的WT雄性小鼠相比，DIO KO雄性小鼠表现出更高的餐后和空腹血糖水平、更高的餐后血清胰岛素水平以及更差的空腹葡萄糖耐受性。

23

3.miR-6236顺利获得靶向PTEN mRNA的3' UTR来调节脂肪细胞中的胰岛素信号传导，进而可能影响AKT磷酸化和胰岛素依赖性代谢功能。实验结果表明，miR-6236能够降低3T3-L1脂肪细胞中的PTEN蛋白水平，并增加胰岛素刺激的葡萄糖摄取和脂肪积累。此外，miR-6236也可能顺利获得抑制其它与肥胖期间脂肪细胞胰岛素信号传导相关的分子来发挥作用。

4.研究者试图确定人类基因组中是否存在miR-6236的同源基因。顺利获得分析条件性Drosha基因敲除细胞的转录组测序数据集，发现了一个135核苷酸长的新型pri-miRNA转录本，称为pri-hsa-MIR-6236，其能够顺利获得直接结合到人类PTEN mRNA的3' UTR区来抑制其翻译，并在体外增加了胰岛素刺激的葡萄糖摄取。数据表明，人类基因组中存在一个miR-6236同源基因，它与小鼠中的miR-6236在分子特性和功能上具有保守性，并与肥胖相关结果相关。

结论：该研究首次揭示了miR-6236作为ATMs分泌的微小RNA，在肥胖状态下增强脂肪细胞胰岛素信号传导并预防代谢功能障碍的重要作用。这一发现不仅增进了我们对肥胖与代谢紊乱机制的理解，也为开发新的治疗策略给予了潜在的靶点，同时也展示了微小RNA在调节代谢过程中的关键作用。

[1] Paneru B D , Chini J , Mccright S J ,et al.Myeloid-derived miR-6236 potentiates adipocyte insulin signaling and prevents hyperglycemia during obesity[J].Nature Communications[2025-05-30].DOI:10.1038/s41467-024-49632-z.

34

sRNA 长度分布

 

56

染色体分布密度

 

45

已知miRNA 各位碱基偏好性分布

 

 

2334

差异miRNA 火山图

组织样本

组织类型

送样要求

动物组织

内脏组织、脑组织≥0.1g；

皮肤、血管等其他组织≥0.3g

培养细胞

数量≥1*106个

全血

≥1 mL 新鲜全血收集的淋巴细胞；

≥1 mL Paxgene Blood RNA tube ；

≥5 mL 加入trizol后的新鲜全血

 

 

核酸样本

样本类型 总量 浓度 RIN 纯度
动物/人 ≥1ug ≥50ng/ul RIN≥7 OD260/280=1.8~2.2;
无DNA、蛋白/盐离子等污染;
样本无色透明不粘稠
植物 ≥3ug ≥60ng/ul RIN≥6

 

1.UMImiRNA 测序对样品提取有什么特殊要求？

提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒，也不要使用LiCl沉淀，以免丢失小片段RNA。如果直接给予small RNA样品，可以使用small RNA提取专用试剂盒来进行提取。

 

2.进行UMI small RNA 测序时，客户除了样品以外还需要给予哪些相关信息？

需要给予相应物种的参考基因组相关信息。如果没有本物种的基因组，需要给予近缘物种的相关信息。

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